Otra de las opciones para acceder al municipio reside en la línea de ferrocarril de EUSKOTREN. Esta línea conecta Bilbao con Etxebarri y, de forma directa, con Eibar o Bermeo. A través de enlaces en Ermua y Donostia-San Sebastián también es posible llegar por este medio hasta Hendaia.

Euskotren cuenta con una magnífica estación en Etxebarri, en pleno centro del municipio junto a la Iglesia de San Esteban. Se trata de una estación completamente nueva construída en el año 2003.

Líneas de Euskotren que actualmente pasan por Etxebarri: